Некоторые слова японского происхождения, — например, «иена», «
гейша», «тамагочи», такие географические названия, как Токио, Киото, слово «Тойота», имя Йоко — пишутся именно так в соответствии со сложившейся и
закреплённой в словарях языковой нормой, несмотря на то, что такое написание не соответствует правилам системы Поливанова. Во всех японских географических названиях, отражённых в «Малом атласе мира» ГУГК, после согласных пишется «е» вместо «э» (§ 9 п. 3 правил 1956 года), а в начале слова — «йо» вместо «ё» (§ 10, примечание): Йокосука, Йонедзава, Йоккаити, Йорок, Йосино, Йокоате, Йокоте, Йонаго, Йонагуни (но Иокогама). Некоторые названия, как, например, Шикотан, пришли в русский язык из айнского, поэтому не подчиняются правилам передачи японских слов.