При инцесте значительно повышается вероятность встречи одних и тех же патологических генов. То есть, снижаются преимущества полового размножения, которые в соответствии с гипотезой Кондрашова[9] или детерминированной гипотезой мутаций[10], проявляются в возможности избавления от вредных мутаций путём компенсации здоровой копией того же гена, полученной от другого родителя[11] .
Если при неродственных браках вероятность рождения ребёнка с серьёзным генетическим (врождённым) дефектом или умственной отсталостью порядка 3—4 %, то при инцесте она значительно возрастает. В генетике данный процесс называют выщеплением рецессивных гомозигот[12].